Organi Združenja SOCIALNA EKONOMIJA SLOVENIJE, so.p. so:
- skupščina
- upravni odbor
- generalni sekretar
- nadzorni odbor
- strokovni odbor
Skupščino kot najvišji organ sestavljajo vsi člani, ki se sestanejo najmanj enkrat letno, z namenom, da odločajo o najpomembnejših postopkih za delovanje združenja.
Upravni odbor: Iris Magajna, Mojca Žganec Metelko, Lilijana W. Brajlih, Mitja Bogataj, Miro Mihec, Sebastjan Pikl.
Generalna sekretarka: Lilijana W. Brajlih
Nadzorni odbor: Mirjana Ivanuša, Nace Kovač, Marjan Holc.